Para finalizar la reordenación de las líneas de la red de EMT en los distritos de San Blas y Ciudad Lineal llevada a cabo en aquella época, el 28 de marzo de 1998 se pone en servicio la línea 140 Pavones- Canillejas, de nueva creación, dependiendo del centro de operaciones de La Elipa y con una longitud media de 8,400 km.

A medida que el tráfico por estos barrios en crecimiento se iba reordenando, la línea 140 modificaba su recorrido en años posteriores. Pero el cambio más reseñable de esta línea llegaría en sus cabeceras, con la puesta en marcha de dos intercambiadores.

El primero, el de Pavones el 21 de julio de 2005. La línea prolonga recorrido desde la calle Fuente Carrantona y establece en el intercambiador su cabecera con el objetivo de mejorar la integración entre las distintas líneas de EMT que finalizaban en sus inmediaciones y facilitar a los viajeros los intercambios entre ellas.

El segundo en octubre de 2010 con la apertura del nuevo Área Intermodal de Canillejas. Con la prolongación a esta nueva cabecera, la línea alcanzó una longitud media de 8,749 km. que mantiene en la actualidad.

Hay que decir que hubo anteriormente, en 1975, una línea 140. Circulaba entre la estación de Portazgo y la Colonia Jesús Divino Obrero, aunque más tarde amplió recorrido hasta Atocha. Tenía una variante (140 con raya roja) que se dirigía hacia el polígono de Fontarrón.

La variante desapareció en 1990, sustituida por la línea 141, mientras que esta 140 desapareció en 1996, absorbida por la línea 54.